“我们接下来需要做的事很明确,根据这组模型输出的数学约束条件,逆向设计出全新的蛋白质骨架。”
徐铭站在主讲位置,身后的屏幕中,显示出多尺度动态计算模型,通过超级计算机不间断演算一个月,最终输出的理想活性口袋约束条件。
现场众人中,国际数学挑战研究院议题组员,因为早已经看到过这项约束条件。
神情上并无多少变化。
反观化学研究所这边,包括周启深院士在内,大家都下意识微皱眉头。
尽管他们在极紫外光刻胶后,都愿意相信徐铭。
认为酶催化,并非现代化学的绝症,是能够将其成功解决的。
但看到屏幕上面,那一系列拓扑描述符,与静电势等高线图和氢键网络连接矩阵,以及用张量表示的金属配位场参数条件。
俨然已经超出了化学表达范围。
“这真的还是化学问题吗?”坐在化学所中间的路川忍不住低喃一句。
仿佛对构建全新蛋白质结构的难度有了一个认知。
显然并非一件容易的事。
徐铭讲述时,也在注意着大家的表现,前脚话音落下未做停顿,便又用化学语言对约束条件进行讲解。
“周院。”。”
“口袋内壁的静电势梯度必须满足这个函数。”
讲到这里,徐铭快速切换画面。
下秒一条复杂的曲线出现。
“口袋最深处金属簇的结合位点,电势必须接近零。”
随着他的讲解,周启深等人陷入思考状,目光牢牢注视着屏幕满脸认真。
而就在这时,路川嘴唇微动,略作尤豫还是选择了主动开口搭话。
“徐院长。”
“天然固氮酶的活性口袋,似乎并没有这么精确的静电梯度?”
说出自己心中的疑问。
徐铭把这句话听进耳中,顿时投去一个欣慰眼神。
接着嘴角爬上笑容,沉声给予回答。
“因为天然酶不需要。”
“我们的动态计算仿真显示,二氧化碳分子在进入活性口袋时,其碳氧键的极化程度会随着位置变化。”
“这个静电梯度是为了在特定位置‘拉伸’碳氧键,降低其断裂能垒。”
“我明白了。”路川猛地点头回答。
眼中浮现出,从徐铭这里学到新东西的欣喜。
会议进行到这里,相关流程和方案,基本算是初步确定下来。
对此徐铭和周启深也没过多耽搁时间,随即宣布散会后便立刻开始投入实验。
只等化学所根据这些数学约束条件,创造出物理世界中的映射物。
之后两周时间里,化学所的蛋白质设计实验室,变成了一个数据与灵感交织的战场。
数台高性能工作站日夜运行,使用蛋白质设计软件进行反向工程,将多尺度动态计算模型的约束条件,转化为氨基酸串行。
“第135号设计,骨架拓扑满足要求,但分子动力学仿真显示,在第58位谷氨酸处会形成一个意外的盐桥,干扰静电梯度。”
“更换它,同时检查β转角是否还能维持。”
类似的对话在实验室每个角落发生,设计过程就象一个多维拼图,改动一个氨基酸,就可能会影响二级结构稳定性和表面亲水性,以及金属配位几何底物信道宽度。
所有变量都相互耦合。
当然在所有人的共同努力下,成果也是斐然,累计设计最终超过了两千个。
6月19日,周三。
本月话题热度最高的高考,已然彻底结束,无数考生终于能享受难得的惬意。
整个人彻底放松下来。
安心等待几天后,考试分数出炉。
不过当视线转到化学所,蛋白质设计实验室内,纵使到了后半夜,依旧能看到很多忙碌的身影。
周启深从家中来到实验室,还没走进去,便刚好在门口碰到了自己学生路川。
那明显的黑眼圈,和打着哈欠的样子,显然这几天没少在实验室熬夜。
“怎么还没有回去休息,这都多晚了?”
见此周启深率先开口关心。
虽说酶催化项目,如今关系到多个方面,有着不得不将其彻底攻克的理由。
但毕竟身体是革命的本钱,必须要有所重视。
听到熟悉的声音,路川下意识抬起视线,看到视野中的身影眼睛顿时放大几分。
脱口询问道:“老师,你怎么现在过来了?”
“翻来复去睡不着,索性来实验室看看。”周启深接过话茬跟在后面解释。
他身为化学所院士,酶催化项目的代表人,又是主动与国际数学挑战研究院创建的合作,尽管对徐铭抱有着百分之一百的信任,可身上涌现的压力却无法避免。
在没有正式看到结果出炉前,想舒舒服服的睡觉只怕不太可能。
周启深又询问道:“徐院还在里面吗?”
“恩。”
路川点了点头,可能是想到了什么,嘴角浮现出一抹哭笑不得的尴尬。
第二次同徐铭一起研发项目,让他对徐铭